罗马正教“神之右席”中的一人“前方之风”入侵了学园都市。她所操纵的神秘魔法造成都市机能完全瘫痪，大部分人因为失去意识而倒下。
她的目标，正是上条当麻——罗马正教正式认定的敌人。
同一时刻，最强的超能力者一方通行，为了守护支持他的少女“最后之作”，与科学家木原数多率领的武装集团“猎犬部队”发生了激烈冲突。
魔法与科学引发的两起大事件同时在学园都市展开。
上条当麻、茵蒂克丝、一方通行、最后之作。当四人的心灵交汇之际，故事就此开始——！