博士宗像隆一郎在侦探方面很有建树，可谓奇葩一朵。突然，他的助手小池被人毒死了，并且留下了“三重漩涡”的怪指纹。
H制糖股份有限公司董事川手连续收到匿名信，恫吓要杀掉自己的全家，川手被吓得不知所措，果然，当天，二小姐便失踪了，随后在U公园的科学陈列馆里发现了川手的二女儿的尸体，随后大女儿竟在众目睽睽之下，消失了……
一连串的惨案和反复出现的“三重漩涡”怪指纹使川手精神崩溃了，为了逃难他随博士来到一个城堡里，在那里，他竟看到了几十年前的事情：自己的父亲在杀人！他终于明白了凶手为什么要杀自己全家。
具有“三重旋涡”手指纹的人终于找到了，是一个娇弱的女子！她伙同哥哥疯狂制造复仇计划，在被博士抓获后自杀了，她哥哥也跳楼而死。案子似乎了结了……
然而小五郎的出现和他大胆的行动使案子又颠倒了，宛如平静的海面上刮起了风暴……