《神奇宝贝:柑橘群岛编6》主要内容：小智最大的梦想就是与他的搭档皮卡丘配合，成为世界一流的神奇宝贝高手。受大木博士之托，小智一行来到柑橘群岛。当听说在柑橘群岛将举行神奇宝贝联赛的消息后，决定留下来参加挑战。为了取得柑橘群岛联赛的参赛资格，他开始了环岛修行之旅。与小智一道进行修行之旅的有他的伙伴小霞和神奇宝贝观察员健次。通过一路修行的磨炼，小智的实力有了很大的提高，但与此同时，他的骄傲情绪也开始抬头。
通往南十字星座联赛资格挑战赛之路虽然漫长，但小智走得非常顺利，到目前为止，他已经取得了三枚徽章。距离柑橘群岛冠军的目标只剩下最后的一段路要走了，咬紧牙关加油呀！